春いろいろ
4月17日、久しぶりの少しまとまった雨である。昨日までの好天で、目の周りが熱を持つほど日焼けしていたので、いい休日である。気温は高めに推移しそうだから、この雨の後はワラビと雑草の生長が一気に進むだろう。
山の果樹園(果樹園というには収入が伴っていない)では、春の盛りというところであろう。数枚だけ写真を出しておく。


カエデの新芽はとても綺麗であるが、これについては別に投稿しよう。
甘夏、ダイダイ、温州ミカン、パールカンなど、柑橘類の幾つかの品種を購入して植え続けている。多くの柑橘類は植えつけて2〜3年後から実がなり始める。一昨日届いたレモンの苗(リスボンとトゲなしのビアフランカ)も植えていたのだが、この雨のお陰で水やりはかなり楽になりそうだ。
植えた苗木に取っては有り難い雨だが、もうすぐ収穫期を迎える早生のタマネギにとっては有り難いとばかり云ってはおられない。昨年の不作の原因であるベト病が心配である。勿論、雨が上がったあと殺菌剤を撒けば感染は避けられるとは思うが、収穫が近くなった時点での薬剤散布はあまりしたくない。しかし、病徴が出てからの散布では手遅れになる。明日からの天気を見ながら、悩ましい判断をしなくてはならないだろう。
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過剰と蕩尽 33
今回でピリミジン塩基の生合成は終わる。ここまでは、明らかになっている代謝系をある程度正確に(私が間違っている可能性を除外できないため)トレースする必要があるため、ぐっと我慢して代謝系の説明のみに絞ってきた。ここが終われば想像の翼を大きく広げることが可能となる。それを妄想というんだよなどという有益な助言なんか蹴散らしてしまうことにしよう。
とはいえ、今回までは自重しておとなしく話を進めることにする。 前回までにデオキシウリジントリリン酸(dUTP)の生合成が終わっていた。今回はdUTPから デオキシウリジントリリン酸(dTTP)までの経路についてである。先に示した図を再度掲載するが、この図には1つの反応が抜けていた。UDPからdUDPへと変換する系で・リボース残基からデオキシリボース残基への還元反応である。反応機構については前述しているので省略する。
さて、dUTPからdTTPへと変換する系についてだが、他の例を参照すれば1段階で進みそうに思えるのに、この場合は一旦dUMPまで加水分解が進んだ後、このdUMPのピリミジン環に対するメチル化が起こりdTMPが生成する。次にdTMPが2段階のリン酸化を受けてdTTPとなる5段階の反応が必要とされるのである。最初の2段階は、ATP : dUDP phosphotransferaseとATP : dUMP phosphotransferaseと呼ばれる酵素に触媒される反応で、dUTP、 dUDPのリン酸基を一つADPへと転移する反応である。反応式は何度も描いて陳腐なモノになったが、一応下に示しておく。
リン酸基の転移反応だから転移が起こるように描けば良いとはいうものの、2段階めの反応にはエネルギー的観点から見た時かすかな違和感を感じざるを得ない。この反応を進めるための何らかのメカニズムがあるのだろう。まあ色々と疑問は残るのだが、それらに拘泥していても仕方がないので先に進むことにしよう。次の図が今回の本命とも言えるdUMPからdTMPへの変換を中心に置いた図である。
この説明に入る前に葉酸について少々薀蓄を傾けておく必要があるだろう。葉酸と入力してYahooやGoogleなどの検索結果を見ると、葉酸についての説明はほとんどなく葉酸を含んでいるというサプリメントの宣伝サイトがずらりと並ぶ。要するに、葉酸を知りたいのではなく、葉酸を含むサプリメントの情報が欲しい人が多いだけだろう。とはいえ、葉酸の生体内での存在様式とその関与する代謝についての知識がなければ、後で行う議論に入ることは難しい。まず、次の図を見て欲しい。
葉酸は単純に葉酸と表記されている場合が多いが、実際はさほど単純なモノではない。それどころか葉酸(Folic acid)は、一般的に葉酸の機能とされている反応において厳密な意味では関与していない。葉酸は葉酸の機能を発揮する化合物群の前駆体というのが正しい見方ではないだろうか。図にあるように、いわゆる葉酸はNADPHを補酵素とするdihydrofolate reductaseの存在下に、ジヒドロ葉酸を通ってテトラヒドロ葉酸に変換される。図から言えることは、葉酸の本質的な機能である1炭素転移反応に関わるのはジヒドロ葉酸からである。葉酸は生合成における前駆体に過ぎないと書いたのは、これが原因である。各反応の矢印の上に、反応を触媒する酵素のEC numberを示しているので、興味のある方はどんな反応を触媒しているか検索されることをお勧めする。現在問題となっているdUMPからdTMPへの変換は2.1.1.48によって触媒される反応であり、N5, N10-Methylene-tetrahydrofolateから5,6,7,8-Tetrahydrofolateへの変換に伴う反応である。
少しだけ補足するが、地球上の生物にとって1炭素化合物の扱いはいささか難しそうだ。メタノールとエタノール、ホルムアルデヒドとアセトアルデヒド、ギ酸と酢酸などを較べても、1炭素化合物の毒性が高い。こうした1炭素化合物群を利用するためのシステムは葉酸類を補酵素とする酵素群が働いている。こう書くと毒性のある1炭素化合物の解毒を担うように誤解される場合があるが、実際はそうではなくもっと積極的な意義を持つ。先ほど書いたがDNAを構成しているチミン残基の生合成に関与しているだけではなく、アデニンとグアニンの生合成においても必須である。さらに、タンパク質生合成の開始コドンに対応するN-ホルミルメチオニンのホルミル基の給源もN10-Formyl-tetrahydrofolateであるし、タンパク質を構成しているアミノ酸の中で、メチオニンの生合成、グリシンとセリンの相互変換にも必須である。
これらの事実は、生物の起源についてDNAワールド仮説・RNAワールド仮説・プロテインワールド仮説のいずれを取るにしても、そのワールドができる以前に葉酸の関与する代謝系が成立している必要があると考えていいだろう。
そこでdUMPからdTMPへの変換反応である。N5, N10-Methylene-tetrahydrofolateをメチル基の給源として利用する酵素5,10-methylenetetrahydrofolate,NADPH:dUMP C-methyltransferaseによって触媒される反応である。反応はカルボニル基の立ち上がりと協奏して酵素のシステイン残基が付加するところからはじまる。生成したエノール体が再びケト体に戻るとき、N5, N10-Methylene-tetrahydrofolateから生成した10位の窒素上に生成したイミニウムイオンの炭素原子に求核的に付加をする。メチレン基とカルボニル基に挟まれたメチ基のプロトンが、酵素内の塩基によって引き抜かれてメチレン基を形成する。このメチレン基に、葉酸残基の6位似合った水素がハイドライドとして付加すると同時に酵素が元に戻るという反応によりめでたくdTMPがつくられる訳である。
これに続く2段階のリン酸化反応は、なんでもないATPリン酸基の転移でありさほどの説明はいらないだろう。図だけを示しておくことにする。
ようやくピリミジン塩基の生合成が終わったが、さて何のために核酸の生合成を述べる羽目になったのか。つい先ほどまでは、ポルフィリンの話をしていたはずである。次回のアップまでに、何を問題にしていたのか思い出していただければ幸甚である。
過剰と蕩尽 34 に続く
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薬剤散布の1日
農薬絶対反対という方々には怒られるかもしれないが、今日はクワとカキに薬剤を散布した。両植物が隣接しているし、隣にはナシ園もあるため、散布はできるだけ風の止まる時間帯に行うことにしている。ポジティブリスト制度のもとでは、ドリフトに伴う残留農薬の基準がとても厳しい。この件については項を改めて書くことになると思うが、アメリカの基準が日本で通用するかどうかの問題である。
6時前から、きのう軽トラの背中に積んでいたシイタケ原木を山に運ぶ。すぐに戻って、クワ菌核病防除剤のロブラール水和剤をローリータンクに200 ℓ作り動噴(動力噴霧器)で散布するのだが、気がついたら動噴の燃料が切れている。ガソリンスタンドに走り、ガソリンを購入して給油、散布開始が30分ほど遅れてしまった。
天気は薄曇り、風はほとんどなかったため約100本のクワへの散布は1.5時間ほどで終了した。ロブラールの散布は収穫の14日前までにしか行えないので、収穫は5月の12日以降ということになる。その頃からマルベリー狩りの観光農園をやれればいいなと思っている。
クワへの散布が終わった後、すぐに家に帰りタンクと動噴の洗浄、続いてカキ用の薬液を作った。この時期、うどん粉病・炭疽病・落葉病の予防にキノン銅フロアブル剤が、フジコナカイガラムシ防除のためモスピランを使うことを勧められるのだが、このモスピランはネオニコチノイドに属しミツバチへの影響が問題となっている。モスピランを避けるとすれば、ダイアジノンなどの有機リン系殺虫剤ととアップロードの組み合わせが考えられる。モスピランは成虫、卵の両方に有効だが、ダイアジノン等は成虫にしか効かないという。卵に対してはアップロードを添加する必要があるわけだ。さらに考えるべき条件として使用時期の制限がある。
薬剤は一通り買ってきたものの、昨夜かなり悩んで考えた。私が植えているカキは、売るためのものではなく自家消費と知り合いの人たちの柿狩り用のものである。少し収穫が減っても問題はない。そんなわけで、キノン銅剤とアップロード水和剤だけを散布し、ダイアジノンは撒かないことにした。卵からの生育を抑えれば、虫はさほど増えないだろうというムシのいい考えである。商業的に作っていればこんな判断はできないと思うが、柿の栽培は趣味であるからこれで良い。
後は、ドリフトに気をつけながら撒布した。散布後、タンクの洗浄と動噴の洗浄をして終了。判断の結果は秋にならないとわからない。いや、秋になってもわからない可能性が高い。収穫は、今後の天気、台風、雨量、気温、防除だけでなく、柿の品種にも大きく影響されるからだ。柿生産で生活をしているとすれば、こんな判断ははできない。安全策を取るだろう。農薬の使用についてはいろいろな意見があるが、どれが正しい意見であるかを判断するのはあまりにも難しい。
午後からは、少し休んでワケギの収穫、その後ヒユナ栽培用の畝を作った。紫外線が強かったらしく、なんとなく目が疲れている。
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本当? 投稿時間が微妙だな
我々の数十年にわたる常識に従えば、骨髄がほぼすべての血液成分を作っていると考えられてきた。とはいえ、肺の中に骨血小板を生成する「巨核球」と呼ばれる細胞の存在が知られており、少量の血小板が肺で作られる可能性は唱えられていた。
ところが、カリフォルニア大学サンフランシスコ校(UCSF)の研究チームは「生体2光子励起イメージング」技術を用いて、肺組織の中に血小板を作る巨核球が驚くほど大量に存在していることを発見しただけではなく、マウスの肺のなかで1時間あたり1000万個以上の血小板を生産していることを報告した。この数は、マウスの全血液に含まれる血小板の過半数に相当するという。
The lung is a site of platelet biogenesis and a reservoir for haematopoietic progenitors
Emma Lefrançais, Guadalupe Ortiz-Muñoz, Axelle Caudrillier, Beñat Mallavia, Fengchun Liu, David M. Sayah, Emily E. Thornton, Mark B. Headley, Tovo David, Shaun R. Coughlin, Matthew F. Krummel, Andrew D. Leavitt, Emmanuelle Passegué & Mark R. Looney
Nature (2017) doi:10.1038/nature21706
Received 24 April 2016 Accepted 14 February 2017 Published online 22 March 2017
日本にも千島学説と呼ばれる一般的には認知されていない学説がある。この学説の8大原理といわれるものの中に、「腸造血説」と呼ばれる赤血球は骨髄ではなく腸の絨毛で造られるとする説がある。
ことの真偽は別として、常識的には腸と肺は内胚葉由来、骨と血球を含む血液は中胚葉由来とされている。とすれば内胚葉由来である肺の細胞から中胚葉由来の血液成分が造られるというこの結果は、幾分不可解な気がしないでもない。肺は増える場所を提供しているだけで、巨核球そのものは骨髄由来というストーリーの可能性もあるのだろうか。
私は、この分野にはさほど詳しくないことを自認している。大きなことを言える柄ではないが、いわゆる定説に対して一つだけ疑問を持っている。脊椎を持たない生物は、どこで血液を作っているのか。この話を進めると、免疫系となんらかの関連がありそうに思われる。即断はできないが、腸が免疫現象の大きな部分を担っていることが明らかになってきたことを考えると、少し突き詰めた実験をしてみたらどうだろう。
私は実験したことはないのでどちらが正しいか断定はできない、一応通常の学説が正しいだろうと思ってはいるが、千島学説が正しくないと断定する前に(世間では断定している)、同じ技術を使えば容易に腸造血説の検証ができそうに思える。正しい理論であっても、認められるまではとんでも学説として否定されるケースがとても多いのです。
私の Oxygenative explosion 仮説、 Hidden burden 仮説、レセプター乗っ取り仮説、人間バケツの穴仮説なども、間違いなくトンデモ理論として扱われています。いや、無視されています。本人は至極真面目に考えているのですが・・・。ふふふ
論旨に間違いがあるかもしれません。4月1日に書いた原稿ですので、注意してお読みください。
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